PRRS CLAMP：区分PRRSV野毒和疫苗毒的新型分子诊断工具

来源：硕腾猪业 2021-11-15 14:36:36| 查看：次

　　猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）继续挑战美国养猪业。兽医学博士（DVM）、研究博士（PhD）Phillip Gauger在最近的一篇研究论文中说，病毒已变得更加难以控制，尽管有积极的生物安全方法、多种市售疫苗、活病毒接种方法并实施疫苗接种方案。1
　　

　　幸运的是，有多种分子诊断检测法可用于对PRRSV进行检测、测序和表征，Gauger说，其是爱荷华州立大学兽医诊断实验室的诊断病理学家和分子诊断部门的负责人。
　　
　　用PRRSV激发
　　
　　Gauger说：“使用改良活PRRSV（MLV-PRRSV）疫苗，并且诊断检测无法区分野毒（WT-PRRSV）和/或疫苗样病毒株，行业面临的一个特殊挑战已经演变。”
　　
　　“疫苗样MLV-PRRSV可以在接种疫苗的动物体内长期复制；能够传播给未接种疫苗的猪；可以通过基因组中的点突变进行遗传进化；并且可能与WT-PRRSV发生重组。”
　　
　　Gauger说，这些因素会使PRRSV的整体流行病学或遗传生态学复杂化，当怀疑混合感染时，可能需要多重检测或测序检测法来区分MLV-PRRSV或WT-PRRSV的存在。
　　
　　现有的新检测选项
　　
　　已经开发了新的分子检测方法，不仅检测标本中的PRRSV，还表征生产系统中不同PRRSV毒株的存在。Gauger解释说，这些方法试图区分MLV-PRRSV、WT-PRRSV或多种病毒株的检测。
　　
　　PRRS CLAMP是指一种分子诊断测序工具，可以帮助区分PRRSV野毒和疫苗毒株的存在。
　　
　　Gauger说：“CLAMP是一个术语，而不是首字母缩写，旨在提示该检测法如何发挥性能。”“因此，它压制MLV-PRRSV的同源序列，并阻止该基因的扩增和测序。CLAMP是一种桥接核酸，旨在与同源靶标紧密结合，并最终允许对WT-PRRSV进行优先测序。”
　　
　　Gauger说，目前有许多分子诊断检测法可用于检测猪诊断标本中的PRRSV，但每种方法都有一定的益处和局限性（请参见方框）。
　　
　　未来前景广阔
　　
　　Gauger解释说，下一代测序提供一系列过程，可提供特异性病毒的全基因组序列。还可以检测存在新型病毒的情况或允许对微生物组进行深度测序。
　　
　　他说：“出于常规诊断目的，PRRSV全基因组测序可能是回答诊断问题或监测生产系统中PRRSV传播的流行病学的适当选择。”
　　
　　Gauger补充说：“虽然没有完美的分子诊断检测，但这些检测和不同检测法的组合提高了检出和表征一组猪中存在的一种或多种PRRSV毒株的概率。”
　　
　　“还有助于降低在不知不觉中感染WT-PRRSV的猪被转移所引起的风险，尤其是当MLV-PRRSV存在于同一种群中时。”
　　
　　现有诊断工具
　　
　　PRRSV筛查实时聚合酶链式反应（PCR）检测法：这些检测高度灵敏，可检测低浓度的PRRSV和所有毒株。Gauger说，它们对PRRSV 1型或2型具有高度特异性和多重性，但并非旨在用于进一步表征病毒核酸，不能区分病毒的不同遗传毒株。如果PRRSV筛查PCR检测法结果呈阳性，则可能需要进行额外检测。
　　
　　PRRSV ORF5基因测序：该检测是一种分子诊断检测法，基于ORF5基因扩增和随后基因内核苷酸序列的选择性测定。Gauger说：“具有ORF5序列数据的诊断报告还将包括比较核苷酸与MLV-PRRSV疫苗株的一致性。”
　　
　　PRRSV疫苗样逆转录实时PCR：Gauger说：“该检测可检出MLV-PRRSV的存在，建议在PRRSV监测方案中将该检测与其他诊断检测（PRRSV筛查PCR和/或测序）结合使用。”Gauger说：“或者，如果众所周知这种检测法的合理性可以通过历史、临床印象和疫苗的使用来证明，则可以使用该检测法。”
　　
　　PRRSV CLAMP测序检测法：如果怀疑猪群中MLV-PRRSV和WT-PRRSV同时存在，则使用该检测法。CLAMP过程采用前述桥接核酸，以阻止MLV-PRRSV的扩增和测序，允许对WT-PRRSV（如存在）进行优先测序和检测。Gauger说，它可以在接种疫苗的猪中检测到较低浓度的WT-PRRSV序列，并有助于降低一种WT-PRRSV的传播风险，在当前没有更先进的分子工具的情况下，这种WT-PRRSV可能仍然无法被检出。
　　
　　[1] Gauger P, Harmon K. Iowa State University Veterinary Diagnostic Laboratory, Department of Veterinary Diagnostic and Production Animal Medicine, Ames, Iowa. PRRS CLAMP：区分PRRSV野毒和疫苗毒的分子诊断工具。出席2021年3月美国猪兽医协会年会。
　　
　　原文链接：
　　
　　https://pighealthtoday.com/molecular-diagnostic-tools-help-distinguish-wild-type-and-vaccine-strains-of-prrsv/

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