一个采样事件中，一个猪场能找到多少个PRRSV变异?

来源：硕腾猪业 2022-05-09 10:58:06| 查看：次

　　俄亥俄州立大学、北卡罗莱纳州立大学和明尼苏达大学的研究人员描述了在不同生产类型的养猪场发现的PRRSV的遗传变异。

　　我们为什么要这么做？

　　尽管已经认识到PRRSV的多样性，但目前田间兽医使用的采样和诊断策略方案（即在每个猪位点使用一个样本对PRRSV基因组的一部分进行测序）尚未对这种高度突变的RNA病毒进行良好的评估。当考虑根据当前诊断知识得出的结论的潜在后果时，这变得很重要。现场兽医最好使用最新的工具，同时定期帮助我们的客户（例如，这是一种新病毒吗？如果是/不是：我是否需要对生物安全进行投资以改善预防？等等）。

　　我们想做什么？

　　本研究的目的是描述不同生产类型（种猪群和生长猪群）和PRRS感染状况（新爆发、接种疫苗的猪场、“自然”暴露于PRRSV）的猪场中PRRSV的遗传变异。

　　我们是怎么做的？

　　五个美国猪群（三个从分娩到断奶的猪群，即农场1、2和3，以及两个生长猪群，即农场4和5）参与了该项目并持续跟踪6个月至一年。对于种猪群，农场要么被“自然”感染（未使用疫苗-农场1），最近感染（活跃爆发-农场2），或积极接种疫苗（使用MLV疫苗-农场3）。对于生长中的猪群，农场要么最近被感染（活跃爆发-农场4），要么积极接种疫苗（使用MLV疫苗-农场5）。处理液（PF；种猪群）、口腔液（OF；生长猪群）和扁桃体刮屑（TS；两种猪群）大约每月收集一次。

　　我们发现了什么？

　　在整个研究期间，通过RT-PCR在大约25%的TS、22%的PF和25%的OF中检测到PRRSV。有关随时间变化的详细Ct值，请参见下图。

qRT-PCR的平均Ct值图

　　在分析ORF5序列（34个PF、7个OF和12个TS）时，在单个农场的单个采样事件（月）中最多可以发现3个不同的PRRSV谱系。更具体地说，我们在使用PF的相同采样事件中确定了两个养殖场（农场2和3）中存在分类为不同谱系（L1H、L1A和L8）的多个PRRSV。此外，使用OF和TS样本对两个正在生长的猪群（农场4和5）都观察到了田间谱系（L1A）和弱毒活疫苗谱系（L5谱系）。我们还观察到大多数猪群每月检测到不同的PRRSV谱系。

　　此外，我们报告说，TS似乎是一种有用的样本类型，可用于在生长猪群中检测PRRSV（无论疫苗接种状态如何），但不适用于种猪群，其中处理液似乎是更好的选择。

　　所以呢？

　　我们的研究证明了PRRSV的多个谱系在商业育种和生长猪群中的共同传播，包括野毒株和疫苗毒株。这意味着识别该领域主要PRRSV序列的常规做法存在缺陷，即简单地提交具有最高病毒浓度（最低Ct）的样本。因此，我们建议对基于ORF5的测序结果和给定时间点每个位点仅一个测序样本的测序结果应谨慎解释；尤其是在试图就新疫情的来源和猪群中PRRS重新出现的可能性做出结论时。在一次采样事件中对多个样本进行测序可能会更全面地了解猪群中PRRSV的多样性。

　　原文链接：https://umnswinenews.com/2022/01/07/how-many-prrsv-variants-can-we-find-in-a-swine-farm-in-a-sampling-event/

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