疫苗因素
1、疫苗选择不当：血清型差异：有些病原的血清型较多，免疫接种时无法选用与本地流行毒（菌）株相对应的血清型疫苗。如大肠杆菌有100多个血清型，并且不同血清型之间缺乏交叉免疫作用。因此用针对少数几种血清型制成的疫苗并不能很好预防自然界流行的各种不同血清型引起的大肠杆菌病的发生。
使用非法疫苗：经疫苗传播的疾病很多，一旦使用非法产品，极易造成外源病毒污染或者支原体污染。在接种疫苗的同时人为感染一些病原微生物。
2、运输储存不当：疫苗运输、贮存不当，如光照太强，温度过高或过低，超过有效期等都会导致疫苗的效价下降造成免疫效果不佳甚至失效。
3、疫苗使用不当：
疫苗稀释液使用不当；疫苗稀释浓度不当；疫苗中混入配伍禁忌的药物或其它疫苗；稀释过的活疫苗没有及时用完；免疫接种过程中出现动物漏免。
疫苗使用剂量不当：剂量过低则效力不足，剂量过大则引起免疫耐受或不安全。抗原剂量越大，所引起的免疫耐受越强越持久。
4、毒（菌）株的变异、超强毒（菌）株的出现及感染与本地流行毒（菌）株不同或有别于疫苗株所保护的范围都会引起免疫失败。
免疫程序因素
科学免疫程序的制定，应建立在对当地疫病的流行情况、动物群的种类、生产情况等方面的调查研究及免疫抗体或母源抗体的监测的基础之上。制定适合本场特点的免疫程序，并非免疫的疫苗种类越多越好，免疫程序不能照抄照搬，要因地制宜。制定免疫程序时要着重考虑以下几个因素。
1、母源抗体的影响：免疫接种的母畜/禽可经初乳或卵将母源抗体传给下一代，使其得到被动保护，但母源抗体较高时也能降低活疫苗的效力，因此必须等母源抗体消退到一定的水平之后才能接种疫苗。
2、免疫间的相互干扰：将两种或两种以上无交叉反应的抗原同时免疫接种时，机体可能会对其中一种抗原的免疫应答降低，因此，为保证免疫效果，对当地比较流行的传染病最好单独接种，同时在产生免疫力之前不要接种对该疫苗有抑制作用的疫苗。
3、免疫间隔时间的确定：同一类疫苗经过二次或二次以上的免疫后，所产生的抗体维持时间较长，达到的抗体水平较高。重复免疫的时间间隔是根据抗体的维持时间来确定的，一般最短间隔时间不得少于14天。
动物自身因素
1、遗传因素：动物机体对接种抗原的免疫应答在一定的程度上是受遗传控制的，不同品种，甚至相同品种不同个体，对同一疫苗的反应强弱也有差异，有些品种/个体畜禽生来就有先天性免疫缺陷。
2、疾病因素：某些疾病，如猪繁殖与呼吸综合征、鸡传染性法氏囊病的病原能损害畜禽的某些免疫器官，从而降低机体的免疫应答能力。
营养因素
1、维生素、氨基酸及某些微量元素的缺乏或不平衡等都会使机体免疫应答能力降低。
2、饲料质量：某些预混料厂家不按质量标准配制预混料，或某些原材料供应商供给客户劣质假冒原料，都会影响免疫效果。
药物因素
性激素对免疫应答有抑制作用，如睾丸激素、雄激素等对畜禽的免疫应答都有一定的影响。在使用含性激素药物时应注意畜禽群免疫水平的改变。
一般动物免疫细菌活疫苗的同时不能使用抗生素及其它抗菌药物。免疫前后两天内不能对畜禽舍进行消毒。
管理与环境因素
畜禽群舍内温度、湿度、养殖密度、通风、有害气体浓度，运输、转栏、换料、用药及免疫接种等处理不当均会对畜禽产生应激。
此外，生物安全因素也很重要，养殖场门口设消毒池，加强圈舍防护、人员出入的管理、减少环境中病原微生物的传播。
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