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影子基因,提供功能位点基因芯片育种整体解决方案 (全)

来源:影子基因Yingzi Gene 2022-07-13 15:47:33| 查看:

  全基因组选择是现代生物育种中最具代表性的技术之一,相比传统方法,全基因组选择大大提高了育种效率,这主要依赖两方面技术突破,一方面,基因芯片能够挖掘到有育种价值的基因组信息;另一方面,通过运用基因组育种值评估算法,能够高效利用收集的基因组、表型组、系谱等信息,准确评估个体育种值。

  由于动物基因组中不同位点携带的有效育种信息含量是不同的,芯片位点设计好坏直接决定了基因组中育种信息的挖掘效率,理论上讲,芯片位点越多、单个位点携带的有效育种信息量越大,芯片能够挖掘的有效育种信息量就越多。常规的分子标记位点基因芯片,每个位点携带的有效育种信息量很少,主要来自与之相连锁的功能突变位点。而且,连锁程度在不同群体、不同世代会发生变化,导致分子标记位点效应不稳定,进而影响了分子标记位点基因芯片的通用性、可持续性,会降低育种效率。

  而功能位点基因芯片,在设计时利用了功能基因组研究最新成果,选取直接调控基因表达、蛋白质活性的功能突变,每个位点携带的有效育种信息含量更高,且位点效应不依赖连锁,在不同群体、不同世代中效应稳定、通用性和可持续更好,育种效率更高,是全新一代基因组育种芯片。同时,配合全新的功能位点加权算法KAML,能够更高效利用基因组、表型组和系谱等信息,进一步提高育种值评估准确性和育种效率。
  
功能位点基因芯片育种优势
  
功能位点基因芯片应用场景

  影子基因在猪功能基因组与育种技术研究方面具有深厚积累,可为客户提供基因组育种整体解决方案,包括功能位点基因芯片设计、制备与检测,基因组育种大数据分析,基因组育种软件与软件开发、表观遗传研究与功能突变位点挖掘等服务。

  01 影子基因功能位点基因芯片设计流程
  
详情阅读《一文读懂遗传育种研究利器“功能位点基因芯片”》

  02 影子基因基因组选种选配大数据处理平台HiBLUP

  影子基因拥有自主的基因组育种大数据处理平台HiBLUP,分为核心算法、原型中台、育种软件三大产品模块。为基因组选种选配大数据计算提供了平台和工具。
  


  核心算法不依赖任何第三方软件包,不受任何专利限制,功能涵盖基因组选种、选配全计算环节,能够高效处理百万群体、千万标记育种大数据,育种值评估准确性和数据处理能力优于国际主流工具,适用于高校、科研院所动植物遗传学研究。

  原型中台对核心算法产品进行封装,能够方便地与种猪场信息化管理软件对接,提供基因型数据管理和基因组选种选配计算服务,适用于与种猪场生产作业管理系统对接,赋能第三方信息平台基因组选种选配功能。

  育种软件可提供种猪场信息化管理与基因组选种选配整体解决方案,功能涵盖种猪场日常生产流程管理、种猪登记、表型数据管理、系谱信息管理、基因组数据管理、育种方案设定、基因组选种选配计算及各种统计报表等,适用于各大育种公司种猪生产、种猪基因组育种、三元商品猪基因组选配生产等管理需求。

  03 影子基因猪80K功能位点基因芯片

  影子基因自主研发猪80K功能位点基因芯片,芯片位点设计集成了猪基因组研究最新成果,涵盖目前最具代表性且位于猪基因组增强子、启动子、编码区、演化保守区等功能区域的重要功能突变位点。芯片包含8万多个对基因表达、蛋白质活性具有重要作用的功能突变位点。位点分型采用自主精准捕获测序技术,位点分型准确率超99%,检出率超98%。
  
猪80K功能位点基因芯片试剂盒
  
猪80K功能位点基因芯片位点密度图
  
猪80K功能位点基因芯片优势

  以上是影子基因功能位点基因芯片育种整体解决方案,影子基因竭诚为您提供专业服务,欢迎各位老师同学垂询。
 
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CORPORATION

关于影子基因
  

  

  武汉影子基因科技有限公司成立于2021年,与华中农业大学战略合作,技术实力雄厚,公司致力于基因组育种技术研发与推广应用。

  影子基因Yingzi Gene,基因组育种技术引领者,提供基因组育种整体解决方案,包括功能位点基因芯片设计、制备与检测,基因组育种大数据分析、基因组育种软件开发、表观遗传研究与功能突变位点挖掘等服务。公司80%的员工拥有硕士及以上学历,拥有T7高通量测序仪、核酸自动提取工作站、高性能计算集群等平台和设备。

  公司官网:www.yingzigene.com

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