AR的诊断是基于对活猪临床症状以及对死后猪体的鼻甲骨和鼻中隔的病变的检测来完成的。另外，用实验室诊断来检测致病病菌是否存在。
目前，萎缩性鼻炎（Atrophic Rhinitis，AR）因为在影响猪生长性能的传染性疾病的清单中，并不起眼，所以对这种疾病的诊断方法并不多。很多兽医认为，该疾病并不严重，但是支气管败血波氏杆菌（Bordetella bronchiseptica，Bb）和多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida，Pm）常常是生长育成猪呼吸道疾病的致病因素。
AR的诊断是基于对活猪临床症状以及对死后猪体的鼻甲骨和鼻中隔的病变的检测来完成的。另外，用实验室诊断来检测致病病菌是否存在。
1.症状
可观察到的呼吸系统症状有：
仔猪打喷嚏（刚刚满月）。
鼻涕和眼部分泌物的增多。
脓性分泌物和带血的鼻涕。
哺乳期动物出现咳嗽、哮喘和呼吸困难（Bb导致）。
如果出现协同感染，呼吸道症状就更加严重。
2.病变：
AR最具特征的病变是鼻甲骨萎缩，可能伴有或不伴有面部侧方或上方缩短或偏曲。之前描述过鼻甲骨萎缩的不同程度，最严重的就是所有结构全部消失。
对出栏猪和保育期猪的鼻甲做常规评价，是目前分别确认或判断进行性或非进行性AR的最佳方法。
为了得出正确的病变评估，在第一颗/第二颗上方前臼齿位置对猪鼻进行横切；解剖颅部可能会得出假阳性结果。
现有不同的方法可以用作评价和分级鼻甲病变；欧洲药典指南是基于给每个曲线从0分（完全健康，骨无减损）到4分（曲线完全被破坏，骨部完全缺损）作出评分，并且给鼻中隔从0分（鼻中隔健康）到2分（鼻中隔完全偏曲）作出评分。然后将4组曲线结构和鼻中隔的评分加在一起，最大可达到的分数为18。
应当注意的是，出现增生、化生和鼻粘膜纤毛消失以及嗜中性渗透，这都是鼻腔的镜检病变的特征。可以观察到骨小梁被结缔组织替换。虽然病变明显，但不是常规实验室技术所涉及，而且处理费用昂贵，耗费人力。
3.实验室诊断
有若干实验室技术可供检测病原体（直接诊断）或提供动物与之接触（间接诊断）的证明：
3.1.直接诊断（抗原检测及特征描述）：
细菌分离：这是以琼脂为基础的微生物培养，连同扁桃腺拭子进行过接种，受影响动物鼻腔或支气管清洗液。当重度PAR（Progressive Atrophic Rhinitis，进行性萎缩性鼻炎）被检测出有面部畸形，毫无疑问，病变形成的数周甚至数月之前之前就出现了感染，而且实际上也无法将产毒Pm分离。正因为如此，针对这些案例，推荐对受影响较轻的动物予以检查，并从中采集样本。
细菌分离有一些局限性，比如确认阳性培养物所需的时间，确认细菌鉴别结果的艰巨性，对熟悉相关细菌生长外观和特征的有资质的人员的要求，并且需要使用选择性培养基限制提取样本的分泌物中存在的其他污染细菌的生长。此外，还需要以冷藏（4-8ºC）状态用快递运输（<24h）样本，以抑制细菌繁殖。
多杀性巴氏杆菌的分离对于该疾病的诊断而言是不充分的。还需要其他实验室试验（实验性感染、细胞培养、ELISA、分子技术）检测皮肤坏死毒素并提供分离菌产毒能力的证据。
-PCR（polymerase chain reaction[聚合酶链反应]）：PCR（传统或实时）是一种灵敏且具有高度特异性的快速分子试验，其依据的是对疑似阳性临床样本或微生物培养物中疾病病原体遗传物质的检测。因此，可对鼻部或扁桃体拭子、体内口腔液或体外分离细菌菌株执行PCR。
从在同一个猪栏中饲养的一群猪采集的口腔液构成可代表该猪群的总样本，其通过被动、非侵入性的“自愿”程序从猪的某个身体部位获取。
该采集方法可减少采样对猪造成的紧张，可获取更具代表性的样本（采样猪的数量大于从选定个体采集的鼻部拭子）。因此，采集的样本更加可靠，更体现成本效益。
最近的研究（Maldonado,J et al,IPVS2014）显示，对于通过实施PCR检测萎缩性鼻炎病原体而言，OF（Oral fluid[口腔液]）样本与鼻部拭子样本之间具有良好的相关性。据观察，PmT（Pasteurella multocida type D[多杀性巴氏杆菌D型]）与Bb（Bordetella bronchiseptica[支气管败血波氏杆菌]）的检测水平实际上相似，由此得出的结论是，对于疾病检测而言，OF与鼻部拭子同样有效，且具有创伤较小和代表性更强的优势。该研究证明，分别有47.78%和4%的样本对Bb和PmT呈阳性。
然而，与其他检测方法一样，PCR或微生物分离中的阴性结果并不能确凿地表示不存在该疾病；因此，建议将屠宰场中的鼻甲骨评价与生产期间养猪场的猪连续批次的临床情况相结合，从而对结果进行确认。
3.2.间接诊断（抗体检测）：
-血清学：由于Bb和PMT导致的猪只感染在很多情况下具有地方流行性这一事实，血清学在AR诊断中的作用有限。另一方面，由于可能通用抗原的PM非产毒株发生交叉感染，因此通用抗原检测的灵敏度较低。对于BB而言，目前没有商用试剂盒对血清学检测进行标准化，因此，不存在该试验的实施标准。此外，即使在健康动物中，BB也具有高度的流行率，且无法通过血清学区分自然感染与疫苗接种。
最后，重要的是要始终牢记，尽管萎缩性鼻炎的临床表现相当具有特征性，当前没有太多的类似病理学研究，但必须根据某些条件确立鉴别诊断，例如猪巨细胞病毒导致的包涵体鼻炎，在非进行性萎缩性鼻炎的情况下，不会导致面部变形或鼻甲骨或鼻中隔病变，但会导致仔猪发生鼻炎。这就是为什么有必要检查鼻甲骨以及证明细菌是否存在以便正确诊断从而能够对连续动物批次进行过疾病控制的原因。
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